Entré à la Comédie-Française en 1971 ; sociétaire en 1975.

Acteur, metteur en scène, Jean-Luc Boutté entre à la Comédie-Française en 1971, à sa sortie du Conservatoire – où il a reçu une formation classique dans la classe de Lise Delamare –, et devient sociétaire en 1975.

Son physique, son œil clair, sa voix, son intelligence de jeu en font un « grand premier rôle » qui pouvait aussi exceller dans des seconds rôles comiques. Au Français, il interprète tous les grands rôles du répertoire classique et contemporain, tels que le Chevalier dans Ondine de Giraudoux, le comte d’Ecija dans La Tour de Babel d'Arrabal, le chevalier de Ripafratta dans La Locandiera de Goldoni, Sigismond dans La vie est un songe de Calderón, Alexandre de Médicis dans Lorenzaccio de Musset, de Ciz dans Partage de Midi de Claudel, Néron dans Britannicus de Racine, Tartuffe dans Tartuffe de Molière, Thésée dans Le Songe d'une nuit d'été de Shakespeare, Sévère dans Polyeucte de Corneille, Shylock dans Le Marchand de Venise de Shakespeare, Richard Rowan dans Les Exilés de Joyce, Begearss dans La mère coupable de Beaumarchais, le Capitaine dans Père de Strindberg, Arbénine dans Bal masqué de Lermontov.

Il a mis en scène à la Comédie-Française Le Misanthrope de Molière, sous chapiteau (avec Catherine Hiegel), Les Acteurs de bonne foi de Marivaux, Dom Juan de Molière, La Double inconstance de Marivaux, au Festival d'Avignon puis Salle Richelieu, Britannicus de Racine, L’Éducation d'un prince de Marivaux, Marie Tudor de Victor Hugo, L'Impresario de Smyrne de Goldoni, Le Bourgeois gentilhomme de Molière (Prix Dominique 1987 de la mise en scène), Le Barbier de Séville de Beaumarchais et Le Roi s'amuse de Victor Hugo.
Il signe également des mises en scène au Petit Odéon (Édith Détresse de Jean-Louis Bauer, Comptine d'Yves Fabrice Lebeau, La Nuit juste avant les forêts de Bernard-Marie Koltès), au Théâtre de la Colline (Les Chaises de Ionesco), au Théâtre des Célestins et au théâtre Hébertot (L’École des femmes de Molière). Rendu peu valide par la maladie les dix dernières années de sa vie, c’est essentiellement dans la mise en scène, au Français et ailleurs, qu’il s’affirme.

II réalise par ailleurs des mises en scène d’opéra (Carmen de Bizet, Il Tabarro de Puccini à l’Opéra de Paris, La Vie parisienne d'Offenbach au Théâtre de Paris) et a interprété le récitant dans La Célestine d'Ohana, mise en scène par Jorge Lavelli à l’Opéra de Paris.

Au cinéma, il a tourné avec Philippe Labro dans L'Alpagueur, avec José Pinheiro dans Les Mots pour le dire, avec Abdelkrim Balhoul dans Le thé à la menthe, avec Michel Deville dans La Lectrice (Prix Louis Delluc 1988), avec Arnaud Desplechin dans La Sentinelle (sélection officielle du Festival de Cannes 1992)…