Entré à la Comédie-Française en 1868 ; sociétaire en 1879.

De sept ans plus jeune que son frère Constant, Ernest Coquelin se destinait aux rôles de jeunes premiers. Son professeur au Conservatoire, Regnier, le détourna de cet emploi : « Vous avez l'œil riant, la tête droite, le nez de la famille... vous êtes un comique ». Il sort du Conservatoire en 1867 avec un premier prix de Comédie et entre à l'Odéon.
À la Comédie-Française, dès l'année suivante, il se fera remarquer pendant plus de vingt ans dans le rôle de Thomas Diafoirus du Malade imaginaire, avant d'aborder le rôle même d'Argan. Il interprète un grand nombre de rôles comiques du répertoire, passant des valets (Pasquin, Crispin, Scapin, Figaro) aux grands rôles (Monsieur de Pourceaugnac, Harpagon, Tartuffe). Il crée Frédéric dans L'Ami Fritz et Merckens dans Les Corbeaux. Son dernier rôle est celui de l'Abbé Merlin dans L'Amour veille de De Flers et Caillavet, en 1907.
Comme son frère et plus encore, il s'est fait une spécialité dans le genre du monologue comique ; beaucoup d'auteurs de ses amis lui écrivirent des textes et lui-même en signa un certain nombre, sous le pseudonyme de Pirouette.